Kelas Tahfidz
Program kelas untuk peserta didik yang memiliki tujuan mengafalkan Al- Qur'an
Program Unggulan
Program terbaik MTsN 2 Kota Malang untuk penguatan kompetensi dan karakter siswa.
Kelas Olimpiade
Program kelas untuk peserta didik yang memiliki tujuan mengikuti Ajang Olimpiade
Kelas Bilingual
Program kelas untuk peserta didik yang memiliki tujuan mengembangkan kemampuan Bahasa Inggris
Kelas CBI
Program kelas untuk peserta didik yang memiliki tujuan menyelesaikan pendidikan Tsanawiyah lebih cepat (2 Tahun)